서울행정법원 행정5부(재판장 김경란 부장판사)는 ㈜D건설이 역삼세무서를 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소소송(2012구합32703)에서 원고패소 판결했다.
재판부는 판결문에서 "회생계획에 따라 채권의 80%를 주식으로 출자전환해 채권의 변제에 갈음해 주식을 취득하는 형태로 출자전환된 것"이라며 "출자전환 후 주식을 감자하기로 했다고 해서 감자된 자본금만큼의 채권을 회수불능채권으로 확정한 것으로 볼 수 없어 대손세액 공제를 인정할 수 없다"고 밝혔다.
그러나, 조세심판원은 ① 「부가가치세법시행령」 제63조의 2 제1항에서 대손세액공제의 범위와 관련하여 대손금으로 인정되는 사유라고 규정하고 있고, 같은 령 제50조 제1항에서 사업자가 특수관계에 있는 자 외의 자와 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 시가로 보도록 규정하고 있으며, 이러한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「법인세법시행령」 제89조 제2항의 규정에 의한 가격으로 평가하도록 규정하고 있을 뿐, 자산의 취득가액에 대하여 「부가가치세법」상 별도의 규정을 두고 있지 아니한 점 ② 출자전환 주식을 회생채권의 장부가액으로 평가할 경우 주식 처분시 처분손실 계상이 가능한 반면, 부가가치세는 채권의 장부가액 전부가 주식으로 변제된 것으로 취급되어 추후 매각되더라도 사실상 대손세액공제가 불가능하게 되는 점 ③ 부가가치세 매출세액은 물론 공사채권 자체마저 회수하지 못한 채권자 법인에게 그 거래징수하지 못한 부가가치세까지 부담하도록 하는 경우 채권자에게만 너무 과도한 부담을 주는 점 등을 감안하면, 대손세액공제를 적용하는 것이 합리적이라는 이유로 당초부과처분을 모두 취소하였다(조심 2012서2200, 2013. 9. 11.)
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